일반기술

TATFIND 소프트웨어: TAT 분비 단백질을 위한 순서 데이터의 빠른 스크리닝 프로그램

세포 외부로의 분비를 위해 “처리된” 박테리아 유전자 생성물은 종종 세포 기구로 하여금 세포 표면에 걸쳐 분비된 펩티드를 정확하게 확인하고 이동을 가능하도록 하는 특색을 갖는다. 최근 확인된 경로는 일정한 분비 단백질의 펩티드 순서에 있는 쌍둥이 아르기닌 성분에 의해 특징 지어지는데, 이 경로는 이미 잘 알려지고 설명되어진 ‘sec` 경로의 대체 방법이다. 새로운 ’쌍둥이 아르기닌 수송(TAT)‘ 신호는 박테리아 유전자를 스크린하는 새로운 검색 도구와 이러한 분비 경로의 이용 뿐만 아니라, 박테리아 활동의 파열을 위한 새로운 목표도 제공한다. 펜실베니아 대학 연구진은 TAT 출력 신호를 위한 순서 부호화를 위해 유전자 데이터의 큰 세트를 검색하는 펄 스크립트(Perl scipt)에서 컴퓨터 프로그램을 쓰기 위해 사용된 검색 매개 변수 세트를 개발하였다. - TAT 모티프를 위해 원핵생물 유전자 데이터 세트의 막대한 양을 사용자가 더욱 빠르고 효과적으로 검색할 수 있도록 한다. - 박테리아에 의해 분비된 새로운 단백질 식별에 생물정보학적 접근을 제공한다. - 원핵생물 순서 데이터의 데이터-마이닝 시 “true positives”를 확실하게 되돌린다. - 같은 결과를 얻기 위해 몇 분이면 될 것에, 오랜 기간 동안 시간을 소비하는 수동 검색을 없앤다.