일반기술

마이크로어레이 샘플 배양을 최적화 시키는 어레이 부스터

ArraryBoosterTM의 핵심은 AdvaCardTM이다. 이것은 서로 다른 spotting 범위에 적용할 수 있는 세 가지 다른 크기의 micro-agitation chip(미세 교반 칩)이다. 최적의 교반 효율을 위해서 적어도 두 개 또는 세 개의 AdvaCardTM이 필요한데 라디오파 전압이 이 칩에 공급되면 이 칩과 microarray 사이에 끼어있는 혼성화 샘플 용액이 quasi-chaotic(외견상으로 무질서하게 보이는) 흐름 패턴으로 유도되게 된다. ArraryBoosterTM를 이용하여 올리고 마이크로 어레이에 Cy3로 표지된 쥐의 간 cDNA를 혼성 시키는 실험을 했을 때 하룻밤동안의 배양으로도 비(非)교반 실험과 비교하여 신호 강도를 10배까지 향상 시킬 수 있었다. ArraryBoosterTM를 단백질 microarray에 이용하면 신호 강도를 거의 10배까지 증가 시킬 수 있고 또한 신호 강도의 손실 없이 샘플의 농도를 줄일 수도 있다. ArraryBoosterTM는 built-in 병렬 포트 interface를 통하여 PC나 laptop에 연결할 수 있기 때문에 ArraryBoosterTM를 4개 연결하면 하나의 컴퓨터로 결과적으로 16개의 배양 챔버를 관리할 수 있게 된다. 또한 각각의 기계를 더 확장하기 위해 master나 slave module을 이용할 수도 있다. 외형적으로 매우 간단하고 직접적인 이 ArraryBoosterTM를 관리하는 소프트웨어는 모든 연결된 장치를 자동으로 detect할 수 있으며 사용자들에게 각각의 챔버를 독립적으로 조절할 수 있는 interface를 제공한다. 이 소프트웨어는 사용자에게 혼성화 샘플 용액이 가장 효과적으로 교반되는 다양한 흐름 패턴을 프로그래밍 할 수 있도록 해주고 혼성화시 모든 상대적인 인자들(온도, 공정 내구성, 교반 프로토콜)들 windows 파일 시스템에 다른 실험 데이터들과 같이 모든 배양단계에서의 실험 조건들을 세세하게 기록하여 보관하기 쉽게 텍스트 파일로 저장 할 수 있다.DNA microarray를 혼성화 시킬때 샘플의 확산에 있어서 한계를 가진다. 즉 신호의 강도는(특히나 적게 발현 되는 유전자일 경우) probe(탐침)에 reaching하는 target 물질의 수에 의해 결정되는데 확산은 큰 물질일 경우에 굉장히 느리게 진행되어 하루가 지나도 혼성화 시스템은 평형에 도달하지 않는다. 이러한 DNA 혼성화의 확산 한계는 샘플 용액을 교반 시켜줌으로 해결할 수 있다. ArrayBoosterTM은 DNA나 protein microarray를 incubation(배양)하는 동안