일반기술

생물정보학에서의 데이터베이스 처리 방법

본 발명은 생물정보학에서의 데이터베이스 처리 방법에 관한 것으로서, 생물정보학 관련 서열정보를 저장하는 데이터베이스를 처리하는 방법에 관한 것이다.이러한 본 발명은, 사용자로부터 서비스 대상 서열을 수신하여 큐에 저장하는 제1단계; 제1단계와 병행하여 큐에 서비스 대상 서열이 있는지를 조사하는 제2단계; 큐에 서비스 대상 서열이 있는 경우에는 데이터베이스로부터 현재 순번의 서열을 읽어 큐에 있는 모든 서비스 대상 서열과 비교하는 제3단계; 제3단계에서 비교된 서비스 대상 서열 중 데이터베이스의 모든 서열에 대하여 비교된 것이 있는지를 판단하여, 해당 서비스 대상 서열을 큐로부터 제거하는 제4단계; 및 현재 순번을 하나 증가시키고 제2단계로 진행하는 제5단계를 포함하는 것을 특징으로 한다.본 발명을 사용하면, 데이터베이스를 한번 액세스해서 현재 처리되는 모든 사용자 요청을 위해 사용하므로 각 사용자요청에 대해서 데이터베이스를 한번만 액세스한다. 그러므로, 평균 시스템 비용이 감소하고 좋은 응답시간을 갖게 된다. 또한, 종래의 방식에 비하여 같은 하드웨어상에서 받아들일 수 있는 사용자 도착율의 임계값이 높아서 많은 사용자에게 서비스를 제공할 수 있다.본 발명은 생물정보학에서의 데이터베이스 처리 방법에 관한 것으로서, 특히 사용자가 생물정보학 관련 서열의 비교를 요청하면 이전에 처리하던 사용자 요청에 대한 처리가 종료될 때까지 기다리지 않고 함께 처리함으로써, 각 사용자요청에 대해 데이터베이스를 한번만 액세스하도록 하여 시스템 비용과 응답시간에서 이익을 볼 수 있는 방법에 관한것이다.21세기 초에 인간 유전자 프로젝트의 성공적인 수행은 모든 생명과학 분야의 급속한 발전을 야기하였으며, 이러한 인간 유전체 지도의 완성으로 전개되는 유전자 이후시대(Post Genom)에는 인간의 모든 유전자와 유전자의 발현으로생성되는 단백질들의 구조와 기능에 관한 연구가 활발히 수행될 것이다. 컴퓨터가 0과 1로 표현되는 정보를 저장하고있듯이, 인간의 유전자는 A, T, G, C라는 네개의 문자로 표현된 약 30억개의 정보를 저장하고 있다. 연구가 진행되면서 막대한 디지털 정보가 축적되고 있으며, 웹(Web)을 통해 공개된 생물정보학 관련 데이터베이스도 SwissProt, GenBank, EMBL 등 매우 많다.이러한 생물정보학 관련 데이터베이스를 사용자 요청에 따라 검색하여 비교하고 알맞은 유전자 정보를 찾아주는 다양한 프로그램이 있는데, A, T, G, C로 이루어진 데이터를 비교 검색하여 서열 비교를 수행하는 FastA, Blast, ClustalW 등의 패턴 매치 프로그램과 데이터의 서열로부터 구조를 예측하는 J-NET이나 J-PRED와 같은 프로그램으로 나뉜다.