일반기술

PROF_PAT 패턴 뱅크 네트워킹과 패턴 인식을 위한 통합 자원의 설계

현재의 PROF_PAT 패턴뱅크(SWISS-PROT 릴리즈 9에 기반)는 PROSITE 패턴 뱅크와 유사한 형식으로 2,384개의 패턴을 포함하고 있다. 우리는 무작위 순서에서 발견될 확률이 최소인 패턴의 요소를 선택했다. 패턴의 총 길이는 371,133개 포지션으로서 BLOCKS의 88,862 포지션과 비교된다. 차이 상동관계를 발견하기 위해, Aho-Corasic, 아미노산 잔류물에 대한 유사성/차이의 다양한 매트릭스, 시퀀스 단편과 패턴요소사의 사전설정 유사성 수준을 사용하여 유연한 비교 프로시저가 사용된다. 패턴들은 “긍정적인” 혹은 “조건긍정적인” 유사성을 가진 SWISS-PROT 릴리즈9의 35,000 완전 시퀀스중의 23,500 시퀀스 이상을 확인했다. 후자의 경우, 교육세트에 포함되지 않은 상동 시퀀스가 확인된다. SWISS-PROT 릴리즈 9의 완전 단백질 시퀀스의 약 2/3을 의미하는 확인된 패턴이 PROF_PAT 패턴 뱅크에 제공된다.