일반기술

섬모충류 특이적 프라이머 및 이를 이용한 섬모충류 검출 방법

본 발명은 섬모충류 특이적 프라이머, 이를 포함하는 섬모충류 검출용 키트 및 이를 이용한 섬모충류 검출 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 혼합 시료에서 섬모충류 특이적 SNP 부위를 인식하는 섬모충류 특이 프라이머를 이용한 18S 리보솜 DNA의 염기서열분석에 관한 것이다. 본 발명의 프라이머를 이용하면 순배양 과정이 필요없이 다양한 생물이 섞여 있는 혼합시료에서 쉽고 정확하게 섬모충류의 18S 리보솜 DNA만을 특이적으로 증폭하여 다양한 섬모충류를 검출할 수 있으므로, 본 발명의 각 섬모충류 SNP 부위 및 프라이머를 섬모충류 종 식별 DNA 마커로 활용하여 혼합시료 내 섬모충류 군집을 손쉽게 환경 모니터링, 생물 계통연구, 질병 감염 여부 등을 확인할 수 있다.최근 18S 리보솜 DNA의 염기서열의 차이에 의거하여 종 분류를 할 수 있다는 것이 알려지면서 섬모충류 수백 종에 대한 염기서열이 밝혀져 있다. 하지만 각 종에 대한 염기서열을 구하기 위해서는 순배양을 통한 단일종 배양이 먼저 수행되어야 하는데, 순배양 과정은 많은 시간을 요하고 또한 종에 따라 배양이 되지 않는 경우가 많아 이 방법의 활용에는 한계가 있었다. 이와 같은 순배양법의 단점을 극복하기 위하여 분자생물학적 방법이 최근에는 도입되어 활용되고 있는데 모든 진핵생물을 공통적으로 증폭할 수 있는 18S 리보솜 DNA 프라이머를 사용하여 현장시료에서 얻은 DNA를 PCR 방법으로 증폭한 후 DNA 단편을 얻고 클로닝하여 클론을 얻은 후 각 클론의 염기서열을 분석하여 시료의 종 다양성을 확인하는 방법이다dCAPS 방법에 의하면 PCR 프라이머의 3'-말단 부위의 두 염기가 DNA 주형에 상보적이지 않을 경우 PCR이 되지 않는다는 발표가 있다. 이에 착안하여, 본 발명자들은 현재까지 알려진 다양한 18S 리보솜 염기서열을 GenBank와 같은 데이터베이스 검색을 통해 정렬하고 분석하여 섬모충류와 같이 큰 생물군에서도 그 생물군만 가지고 있는 독특한 단일 염기 다형성 부위가 있음을 발견하였으며, 상기 dCAPS 방법을 응용하여 18S 리보솜 서열을 분석함으로써 섬모충류만의 특이적인 SNP 부위 및 상기 부위에 대한 특이적 프라이머를 개발하였으며, 이를 이용할 경우 순배양없이 혼합시료에서 섬모충류만을 증폭할 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.