일반기술

성장과정 모의실험을 통한 RNA 분자의 이차 구조 예측 방법

본 발명의 성장과정 모의실험을 통한 RNA 분자의 이차 구조 예측 방법은 동류성 염기 서열을 분석하고 그 분석 결과를 i 번째 염기와 j 번째 염기와의 관계 BP(i, j)를 각 요소로 하는 상호 변화 매트릭스로 나타내는 동류성 염기 서열의 분석 및 상호 변화 매트릭스 생성 과정과, 상호 변화 매트릭스에서 잠재적 나선형 구조를 찾아내어 각 나선형 구조마다 시작위치, 끝 위치, 길이, best_helix라고 불리는 전체 구조에서 가장 안정된 헤어핀 루프 나선형 구조를 찾기 위한 스코어 함수(score function) S1 및 나선형 구조의 신뢰도 CF(Certainty Factor)를 계산하고, 잠재적 나선형 구조가 모두 찾아지면, 이들을 끝 위치가 증가하는 순서로 정렬하여 구조를 만드는 잠재적 나선형 구조 탐색 과정과, RNA 분자의 염기 서열이 자라면서 취하게 되는 중간 구조들을 순서대로 생성시키는 구조 형성 과정 모의실험 및 구조 생성 과정으로 이루어지고, 텍스트 형식의 예측된 이차 구조를 그래픽 형식으로 시각화하는 것을 특징으로 한다.본 발명에 의하면 열역학적·계통발생학적으로 안정되고 구조 형성 과정이 고려된 RNA 분자 이차 구조를 예측할 수 있고, 중간 단계 및 최종 단계에서 예측된 구조의 신뢰도를 정량적으로 나타낼 수 있으며, 구조의 재편성을 허용함으로써 보다 생물학적으로 의미 있는 RNA 분자 이차 구조를 얻을 수 있으므로 RNA 분자 구조와 그 형성 과정을 연구하는데 유용한 도구로 사용될 수 있다.