일반기술

복수의 표적 ｍＲＮＡ에 적용 가능한 ｓｉＲＮＡ염기서열을 추출하는 방법

복수의 유전자 서열들로부터 효과적인 siRNA 특이적 유전자 억제를 위한 siRNA 염기서열을 추출하는 방법 및 이를 실현시키기 위한 일련의 명령들을 포함하는 프로그램이 저장된 컴퓨터로 판독 가능한 기록매체를 제공함.본 기술은 siRNA 염기서열의 추출 방법으로, 키워드 트라이(keyword trie)를 사용하여 보존된 염기서열을 검색하여 복수의 표적 mRNA에 적용 가능한 siRNA 염기서열을 추출함. 또한, 다양한 바이러스 혈청형들에 대한 범용적인 항바이러스 제제로 사용될 수 있는 siRNA 염기서열을 설계할 수 있는 소프트웨어를 제공함. 본 소프트웨어 설계 단계는, 먼저 표적 mRNA를 복수개 선정하여 로딩한 다음 키워드 트라이를 이용하여 보존 패턴을 검출함. 그 후, 고효율이 예상되는 복수의 siRNA 후보군을 선정함. 이 때 표적 mRNA에 적용이 가능한 siRNA 염기서열이 후보군으로 선택이 되며, 추가적으로 열역학적 데이터를 부가함.<기술의 특징>- 단일 유전체 서열 뿐만 아니라 공통의 보존 부위들을 포함할 수 있는 복수의 표적 mRNA에 적용 가능한 siRNA 염기서열을 추출할 수 있음.- 상이한 혈청형을 갖는 다양한 종류의 바이러스의 복제를 전반적으로 억제할 수 있음.